學校以人才培養為第一要務，牢固確立教學中心地位，把提高教育教學質量作為永恒主題，注重學生創新精神與能力素質的培養，堅持“弘揚新安醫學，培育中醫人才”的辦學特色，人才培養質量不斷提高。學校現有2個國家級教學團隊、8個省級教學團隊，1門國家級精品課程、35門省級精品課程。有1個國家級精品資源共享課程，1個國家級實驗實訓示范中心，1個國家級專業綜合改革試點項目。近5年來，先后獲國家級、省級質量工程項目200余項，國家級教學成果獎1項、省級教學成果特等獎2項、一等獎2項。

學校注重辦學特色的彰顯，深入推進教學改革，舉辦新安醫學教改實驗班，在臨床專業建立客觀化結構考試中心。2010年開始與長春、福建2 所中醫藥大學開展相互交流培養學生;設立大學生課外科技創新與創業基金;開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學生知識技能競賽和“挑戰杯”等各級各類競賽活動;廣泛開展各類社會實踐活動。2010—2015年學校共有學生200余人次在學術科技與創新創業領域獲省部級以上表彰和獎勵80 余項。學校曾被授予全國大中學生志愿者“三下鄉”社會實踐活動先進集體。2010年以來，學校畢業生平均就業率在94%以上，連續獲得安徽省普通高校就業工作“先進集體”或“標兵單位”稱號。

學校大力推進科技強校戰略，積極促進教學水平與人才培養質量的提高。近5年來，學校共承擔各級各類項目1300余項，其中承擔國家“973”計劃、國家“863”計劃、國家科技支撐計劃、星火計劃重點項目、重大新藥創制專項、國家自然科學基金和社會科學基金等國家級項目196項，科研經費2億余元;取得研究成果300余項，獲得省部級以上科技獎勵42項(其中國家科技進步二等獎1項,中華中醫藥學會科技獎一等獎1項)。現有10個省級科技創新團隊，28個省級以上重點實驗室及工程(技術)研究中心。建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟。學校被國家科學技術部授予“全國科技特派員工作先進集體”稱號，被國家中醫藥管理局授予“中醫藥科技管理工作先進集體”稱號。學校獲中華中醫藥學會“推動中醫藥學術發展特別貢獻獎”。

學校不斷加強產學研用合作，服務地方經濟社會建設能力不斷增強。建校以來，我校培養了4萬余名高素質的中醫藥人才，遍布安徽省及國內外醫藥領域。學校與黃山、亳州、績溪、舒城等市縣人民政府簽訂全面合作協議，與河南宛西、江蘇康緣、深圳三九等國內知名中醫藥企業簽訂戰略合作協議，建有亳州濟人藥業等30個產學研合作基地，服務地方經濟社會發展的能力不斷提升。積極為政府在出臺有關中醫藥發展規劃和相關政策提供決策咨詢，學校在國家中藥現代化科技產業(安徽)基地建設中做出了積極貢獻。第一附屬醫院是全省最大的三級甲等綜合性中醫醫院;第二附屬醫院是全國首家也是規模最大的三級甲等針灸專科醫院;第三附屬醫院是國家第三批重點建設的中西醫結合醫院，神經病學研究所附屬醫院是一所國內外有影響的以“肝豆狀核變性診治”為優勢的專科醫院，國醫堂是一所為廣大患者以純中醫方式為主要醫療手段的醫療單位，其都成為開展社會服務的重要力量。

學校與美國、澳大利亞等19個國家和地區的50個醫療和教育機構建立了友好合作關系。1994年獲準招收國外留學生，先后有20多個國家和地區的學員來校攻讀碩士、學士學位以及臨床研修。與美國、瑞典、新加坡、日本、韓國及港澳臺地區的院校開展學者互訪和學生交流活動。

在57年的辦學歷程中，學校逐漸形成了以“至精至誠、惟是惟新”為校訓的優良傳統。目前，學校已發展成一所以中醫藥學科為主，相關學科協調發展，辦學層次齊全，中醫藥特色鮮明的高等中醫藥院校。

面向未來，學校將以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和科學發展觀為指導，堅定中醫信念，弘揚中醫精神，秉承“至精至誠、惟是惟新”的理念，實施“質量立校、人才興校、科技強校、特色弘校、文化塑校、和諧融校”的辦學方略，圍繞特色，強化優勢，提升質量，著力培育“精誠是新”中醫藥人才，構筑安徽中醫藥協同創新高地，弘揚“北華佗南新安”中醫藥文化，引領安徽中醫藥事業產業發展，建成富有特色、卓有貢獻、高水平有影響的安徽中醫藥大學，為建設美好安徽、服務人民大眾健康做出更大貢獻。