復旦大學創建于1905年，原名復旦公學。“復旦”二字由創始人、中國近代知名教育家馬相伯先生選定，選自《尚書大傳?虞夏傳》中“日月光華，旦復旦兮”的名句，意在自強不息，寄托當時中國知識分子自主辦學、教育強國的希望。

復旦大學經歷近百年的沿革。1917年復旦公學改名為私立復旦大學，下設文、理、商三科以及預科和中學部。1937年抗日戰爭爆發后，學校內遷重慶北碚，并于1941年改為“國立”。1946年學校遷回上海江灣原址。到1949年學校已設立文、理、法、商、農五院20多個系（科）。魯迅、郭沫若、鄒韜奮、老舍、竺可楨、馬寅初等著名學者曾到校演講或任教。1950年高校初步進行院系調整，復旦大學的海洋系并入山東大學；上海暨南大學的文、法、商三院，同濟大學的文、法兩院，以及浙江大學、英士大學的部分系科并入復旦大學。1952年秋全國高校院系調整，復旦大學的法學院、商學院、農學院調出，分別成立了華東政法學院、上海財經學院和沈陽農學院；而華東地區的浙江大學、交通大學、南京大學、安徽大學、金陵大學、圣約翰大學、滬江大學、震旦大學、大同大學、光華大學、大夏大學、上海學院、中華工商專科學校、中國新聞專科學校等高等院校的文、理科有關系科并入復旦大學。二十世紀80年代以后，尤其是通過國家教育部和上海市共同建設，以及“七五”、“八五”和“九五”的重點建設，復旦大學逐步發展成為一所人文科學、社會科學、自然科學、技術科學以及管理科學在內的多科性研究型綜合大學。2000年4月27日上海醫科大學與復旦大學強強合并，成立新的復旦大學。如今的復旦大學，學科門類更為齊全，綜合實力更加強大。
復旦歷史上曾經擁有一大批學術大師和著名學者，在國內外享有盛譽。周谷城、陳望道、顏福慶、蘇步青、譚其驤、周予同、陳建功、朱東潤、胡曲園、嚴北溟、張世祿、伍蠡甫、盧鶴紱、謝希德等著名學者長期在校執教，為復旦奠定了雄厚的學術傳統和基礎。談家楨、吳浩青、谷超豪、胡和生、王迅、陳中偉、楊雄里、楊福家、湯釗猷、顧玉東、李大潛、陳灝珠、沈自尹、聞玉梅、王威琪、陸谷孫、章培恒等一大批知名專家，仍活躍在國內外學術舞臺上，成為復旦當代學術精神的代表。建校以來復旦大學共培養了18萬余名各類畢業生，涌現出包括于右任、邵力子、陳寅恪、竺可楨、張志讓、李嵐清等校友在內的眾多杰出人才，為國家的建設事業作出了卓越貢獻。
復旦大學現任校長為王生洪教授，黨委書記為秦紹德教授。
復旦大學校訓：“博學而篤志，切問而近思”；校風：“文明、健康、團結、奮發”，學風：“刻苦、嚴謹、求實、創新”。
學校現有人文學院、外文學院、新聞學院、法學院、經濟學院、管理學院、技術科學與工程學院、生命科學學院、上海醫學院、公共衛生學院、藥學院、護理學院、信息科學與工程學院、國際關系與公共事務學院、社會發展與公共政策學院、數學科學學院和軟件學院等17個學院(含66個系)和物理學系、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系等4個系，68個學士學位專業，一級學科博士學位授權點22個，二級學科博士學位授權點135個(其中自設24個)，碩士學位授權點209個(其中自設38個)，并設有25個博士后科研流動站。
學校學科門類齊全，現有馬克思主義哲學、外國哲學、政治經濟學、世界經濟、金融學、產業經濟學、政治學理論、國際關系、中國古代文學、漢語言文字學、傳播學、歷史地理學、基礎數學、應用數學、運籌學與控制論、理論物理、凝聚態物理、光學、物理化學、高分子化學與物理、生態學、神經生物學、遺傳學、生理學、電路與系統、微電子學與固體電子學、人體解剖與組織胚胎學、病原生物學、病理學與病理生理學、內科學（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學（普外科、骨外科、泌尿外科、神經外科）、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、中西醫結合基礎、中西醫結合臨床、社會醫學與衛生事業管理等40個國家重點學科，居全國第三位。