南京中醫藥大學始建于1954年，歷經江蘇省中醫進修學校、江蘇省中醫學校、南京中醫學院、江蘇新醫學院、南京中醫學院等歷史時期，是全國建校最早的中醫藥高等院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。建校60多年來，南京中醫藥大學為新中國高等中醫教育培養輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，培養了新中國中醫藥界最早的學部委員，為新中國中醫高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生2萬名，設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、醫學與生命科學學院、藥學院、衛生經濟管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、心理學院共10所直屬學院，28個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文等6個學科門類，初步形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展的辦學格局。

學校現有國家一級重點學科1個，國家二級重點學科2個，國家重點（培育）學科2個；江蘇高校優勢學科建設工程二期項目立項學科2個、重點序列學科2個；國家中醫藥管理局中醫藥重點學科33個。臨床醫學、藥理學與毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%。擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個一級學科學位授權點和博士后科研流動站； 二級學科博士學位授權點14個，自主設置二級學科博士學位授權點17個；一級學科碩士學位授權點5個，二級學科碩士學位授權點23個，自主設置二級學科碩士學位授權點19個；有專業博士學位授權點1個，專業碩士學位授權點4個，具有博士生導師自審權和主干學科專業的教授評審權。學校現有國家級專業綜合改革試點項目2個，國家級專業5個，卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目3個，國家級精品資源共享課程6門，國家級教學團隊2個，國家級人才培養模式創新實驗區1個，國家級實驗教學示范中心3個，國家級大學生校外實踐教育基地1個，國家級規劃教材（主編）33部,國家級教學成果4項。現已建成27所附屬醫院、4所中西醫結合臨床醫學院，各類教學及畢業實基地逾百所。

學校科研實力雄厚，是國家科技部新藥臨床試驗研究（GCP）中心、國家發改委中藥資源產業化與方劑創新藥物國家地方聯合工程研究中心、國家教育部中藥炮制規范化及標準化工程研究中心、國家級中藥炮制技術傳承基地、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發中心、江蘇省中醫藥研究與新藥創制中心、江蘇省中藥資源產業化過程協同創新中心的依托建設單位。學校現有江蘇高校協同創新中心2個，國家地方聯合工程研究中心1個，省部共建教育部重點實驗室1個，教育部工程研究中心1個，國家中醫藥管理局重點研究室3個，國家中醫藥管理局三級實驗室8個，江蘇省重點實驗室2個，江蘇省高校重點實驗室4個，省級工程研究中心（工程實驗室）6個，江蘇高校哲學社會科學重點研究基地1個。學校構建形成了“一個中心、四大板塊”的科技臺布局，即江蘇省中醫藥研究與新藥創制中心和南京中醫藥大學科技園、南京高新技術開發區中藥產業園區、中國醫藥城中醫藥研究院、江蘇生命科技園，加快推進“產、學、研”結合，積極為地方經濟社會發展服務。

學校有國醫大師5人，“”特聘教授1名，國家杰出青年科學基金獲得者5人，國務院學科評議組成員3人，國家“973計劃”項目首席科學家1人，百千萬工程國家級人選5人，國務院政府特殊津貼獲得者51人，國家有突出貢獻中青年專家1人，國家教學名師2人，全國模范教師1人，全國優秀教師6人。

學校是世界衛生組織（WHO）傳統醫學合作中心、國家衛生部確定的國際針灸培訓中心、全國中醫師資進修教育基地、中國中醫藥文獻信息檢索中心南京分中心，同時也是首批獲國家教育部批準接受和培養外國留學生及臺港澳地區學生的高等中醫藥院校。2010年6月20日，學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作建立了全球首家中醫孔子學院，時任國家副主席出席了揭牌儀式并發表重要講話。學校目前與世界90多個國家和地區有著廣泛交流和聯系，并與世界30多個國家和地區的政府、高等院校或學術團體及機構建立了友好合作關系，具有較高的國際聲譽和影響力。

面向未來，南京中醫藥大學將進一步繼承和發揚辦學的優良傳統和作風，不斷深化體制機制改革，大力實施“人才強校、質量興校”戰略，加強內涵建設，提升辦學水，通過辦學規模、結構、質量、效益的協調發展，積極創建“國際著名、國內一流”的中醫藥大學，努力躋身于全國具有鮮明的高水大學行列。