南京醫科大學康達學院是1999年由南京醫科大學、江蘇康達實業開發總公司創辦并經省教育廳批準的公有民辦二級學院，2005經教育部批準設立為獨立學院。經過十四年的發展與積累，康達學院已成為一個理念先進、特色鮮明、管理嚴格、品牌優良的獨立學院，得到社會的普遍認可和廣泛贊譽。

2010年9月，南京醫科大學與連云港市人民政府簽署在連云港市合作舉辦南京醫科大學康達學院的框架協議；2011年初，南京醫科大學與連云港市人民政府達成將南京醫科大學康達學院遷至連云港市的合作辦學意向，同年開始建設。新校區位于美麗的連云港風景名勝區花果山腳下，占地面積500畝，總建筑面積近18萬平方米，分兩期進行建設。經過兩年多的辛苦建設，一期工程包括綜合教學樓、基礎醫學樓、解剖樓、藥學樓、護理樓、圖書館、宿舍、食堂、大學生活動中心等17棟單體近12萬平方米建筑及配套設施已建成；二期工程建筑面積4萬余平方米，主要包括體育場館、臨床醫學樓、綜合實驗樓、綜合學系樓、宿舍等正在建設中。2013年6月6日，教育部正式下發了同意南京醫科大學康達學院遷址連云港辦學的批文；自2013年起，南京醫科大學康達學院將在連云港進行招生辦學。2013年9月20日，連云港新校區迎來了南京醫科大學康達學院遷址辦學后的首屆1200名新生。

遷址連云港后，學院將繼承和發揚南京醫科大學及康達學院的優良辦學傳統，在做好學生培養、學科建設等教育教學改革工作的同時，還將結合港城地方特色，積極開設藥物制劑學、制藥工程、生物技術及與海洋、藥物相關的新專業；加強特色專業和學科內涵建設；發揮醫學教育的優勢，帶動并提升連云港地區醫院整體醫療科研水平的發展，形成科教研互促共進的良好發展格局；積極做好科技研發工作，促進科技成果轉化。學院將抓住遷址連云港的契機，繼續積極探索康達特色辦學之路，掀開學院發展新的歷史篇章。