中國高等航海教育發軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業學堂（南洋公學）船政科開創了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校，1933年更名為吳淞商船專科學校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經教育部批準更名為上海海事大學。為更好地服務上海國際航運中心建設和國家航運事業發展，根據上海市高校布局結構調整規劃，2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。2009年學校舉行百年校慶系列活動。
上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學、管理學、經濟學、法學、文學和理學等學科門類的多科性大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。

現設有商船學院、交通運輸學院、經濟管理學院、物流工程學院（設中荷機電工程學院）、法學院、信息工程學院、外國語學院、海洋科學與工程學院、文理學院（設徐悲鴻藝術學院）、科學研究院、上海高級國際航運學院等二級辦學部門。學校致力于培養國家航運業所需要的各級各類專門人才，已向全國港航企事業單位及政府部門輸送了大量畢業生，被譽為“高級航運人才的搖籃”。

學校2013年成立中國（上海）自貿區供應鏈研究院和上海高級國際航運學院。中國（上海）自貿區供應鏈研究院將自貿區建設與供應鏈研究有機結合，以提升自貿區產業鏈建設水平，促進自貿區貨物貿易向服務貿易的轉型發展，同時推動政府監管職能的轉變。上海高級國際航運學院采取國際上先進的商學院運作模式，與全球優秀教育機構資源共享，著力打造國內領先、國際知名的航運金融教育品牌，構筑具有影響力的航運高端人才輸出基地。2008年，上海市教育委員會、上海市城鄉建設和交通委員會、上海海事大學、虹口區人民政府等20多家單位共同發起成立上海國際航運研究中心。中心掛靠上海海事大學，是國際航運業發展的研究和咨詢機構，為政府和國內外企業與航運機構等提供決策咨詢和信息服務，是上海市教委首批建立的“高校知識服務平臺”之一。，市教委將為該平臺掛牌“上海市協同創新中心”。