課程建設，加大了現代教育技術手段的建設和應用；三是進行了學分制的教育管理改革，積極探索創新人才培養模式，并建立健全了各項教學管理制度，進一步完善了教學質量保證和監控體系。在近兩次四川省高等教育教學成果獎評審中，學院獲得一等獎2項、二等獎5項、三等獎6項。

近5年來，學院共獲得廳局級以上科研課題793項，其中國家自然科學基金26項、國家社會科學基金1項，承擔國家“863”計劃子項目1項，獲得教育部“新世紀人才支持計劃”1項，參加國家“973”計劃項目2項，獲得科技部、國家中醫藥管理局、四川省科技廳等部省級項目88項；獲得國家專利授權17項，出版學術專著33部，發表論文5000余篇，其中核心期刊1587篇，SCI收錄論文104篇；獲得四川省科技進步一等獎2項、二等獎4項、三等獎17項，科研的立項及獲獎的數量、級別逐年提高。學院主辦有面向國內外公開發行的醫學類學術期刊《瀘州醫學院學報》，作為中國學術期刊綜合評價數據庫來源期刊，已被中國核心期刊（遴選）數據庫收錄。，經國家新聞出版總署批準，我國第一份醫學與法學交叉滲透、相互結合的學術性季刊《醫學與法學》雜志公開發行。

有直屬附屬醫院3所（其中附屬醫院是三級甲等醫院，附屬中醫院是三級甲等中醫醫院，附屬口腔醫院是四川第二大口腔專科醫院且正在申報三級甲等專科醫院），非直屬附屬醫院12所，開放床位共12000余張，另有三級乙等及以上臨床教學醫院29所及其他穩定的校外專業教學實習基地30余個。3所直屬附屬醫院不斷加強內涵建設，提高醫療、科研、教學水平，醫療技術水平和服務質量連上臺階。早在20世紀60年代，附屬醫院率先在四川省成功開展斷肢再植手術；70年代末繼華西醫科大學之后在四川省第二家成功開展器官移植手術；2004年成功開展四川省首例連體嬰兒分離術，2005年成功開展四川省首例心臟移植手術，是川、渝、滇、黔結合地區的醫療、教學、科研中心。

近年來，學院加強了國內外交流與合作，與美國、日本、德國等13個國家和地區