黨中央、國務院對辦好集美大學高度關注。江澤民同志親自為學校題寫校名并題詞“弘揚嘉庚愛國精神，振興中華教育事業”，李鵬同志為集美大學題詞“弘揚嘉庚精神，辦好集美大學”，喬石、李嵐清等中央領導對辦好集美大學也作了專門題詞。李嵐清同志不僅對學校的合并改革工作作出了一系列重要指示，而且親自為學校揭牌，親臨學校視察、指導。2004年10月，政治局常委、全國政協主席賈慶林同志視察學校并為陳嘉庚先生銅像揭幕；政治局常委同志，政治局常委、中紀委書記賀國強同志在福建省主政期間，都曾擔任集美大學校董會主席，每年都親臨學校關心指導，大力推動了學校的改革發展工作。2006年7月，國務委員陳至立同志來校視察，對學校所取得的辦學成績給予高度評價。2007年8月，教育部部長周濟同志視察學校后說：“集美大學這幾年發展得很好！”省、市領導也多次蒞臨集美大學指導工作。

集美大學在長期辦學實踐中形成了航海、水產專業優勢和特色。航海教育是我國培養高級航海人才的重要基地，在全國和東南亞都具有較大的影響，是國內高水平航海院校之一；水產學科是福建省水平較高的學科之一，在國內具有一定的優勢和影響。輪機工程和水產養殖學是省級重點學科，輪機工程、機械設計制造及其自動化兩個專業為省級高等學校本科教育特色專業點。

蜚聲海內外的集美學村，走過了90多年光輝的歷程，不斷發展壯大的集美大學也即將迎來建校90周年。面向未來，學校明確了今后一個時期的三大任務，即力爭以優異成績通過教育部2007年本科教學工作水平評估，進一步提高教學質量和辦學水平；積極發展研究生教育；到2007年，高質量、高起點地完成新校區50多萬平方米校舍的建設任務，滿足我校各項教育事業可持續發展的需要。

集美大學21世紀初期的戰略目標是：用20年左右的時間，切實增強辦學綜合實力，把集美大學辦成一所面向世界、面向海峽西岸經濟區、面向海洋，特色鮮明，具有較強國際競爭力和較高水平的多科性大學。

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