十一五期間，學校承擔各級各類科研課題800余項。2012年獲得國家自然科學基金課題24項、國家社會科學基金課題19項。另外獲國家級教學成果獎3項，省級教學成果獎16項，省部級科技成果獎25項。

學校的社會科學研究以區域經濟、民族文化、民族歷史為重點，其中民族歷史文化、民族語言、沈從文研究、文化創意產業、旅游經濟等研究成果已在國內外產生較大影響，多項成果被各級地方政府決策所采納。自然科學研究以自然資源開發、利用與保護為重點，取得了一批經濟和社會效益顯著的成果。學校努力做好產學研工作，積極服務地方經濟社會發展。提出了“三帶理論”，研究開發了美味獼猴桃“米良一號”、杜仲、葛根、椪柑醋、礦產品與金屬材料加工等一系列科研成果，孵化出一批本土企業，產生了較好的經濟與社會效益。其中具有自主知識產權的美味獼猴桃“米良1號”被國務院扶貧辦列為扶貧開發項目，在全國16個省(市)推廣栽種，僅湘西自治州種植面積就達10萬余畝。從獼猴桃中提取的“果王素”經國內專家鑒定“達到國內領先水，填補國際空白”，獼猴桃研究成果的產業化幫助湘西30萬農民擺脫貧困。

學校重視對外交流，先后與美國、英國、韓國、烏克蘭、日本及香港、臺灣20余所高校開展了合作交流。學校部分師生多次出國訪學、交換學習，少數民族藝術團曾應邀赴美國、香港等地演出，影響廣泛。

學校先后獲得“全國民族團結進步模范集體”、“全國精神文明建設先進單位”、“全國模范職工之家”、“全國綠化模范單位”、“全國高校后勤工作先進集體”、“湖南省文明單位”、“湖南省高校畢業生就業工作先進單位”等榮譽稱號。

黨和國家朱镕基、曾慶紅、尉健行、賈慶林、劉云山、曾培炎、陳至立、楊汝岱、羅豪才等以及教育部、湖南省委省政府領導多次來我校視察指導工作。原國務院總理朱镕基高度稱贊“吉首大學是湖南的驕傲”，原國家副主席曾慶紅肯定“吉首大學具有特殊價值”，原全國政協主席賈慶林在視察學校時高興地說“看到了吉首大學，就看到了武陵山區脫貧致富的希望”。

學校《吉首大學中長期改革發展規劃綱要(2011—2020)》，提出了“立足大湘西，輻射大邊區，服務“富民強省”，將吉首大學建設成為有、高水的教學研究型地方綜合性大學”這一戰略目標，學校將努力實現轉型發展、科學發展和快速發展，建設教學研究型大學，積極在服務國家戰略層面的“武陵山片區區域發展與扶貧攻堅”戰略和湖南省委、省政府“富民強省”戰略，以及新一輪大湘西開發工作中做出新貢獻，繼續保持在四省市邊區高等教育的領先地位，為推動區域經濟社會發展發揮更大作用。

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