石河子大學是雙一流大學。石河子大學是國家“211工程”重點建設高校、國家西部大開發重點建設高校和省部共建高校，是“中西部高校基礎能力建設工程”和“中西部高校綜合實力提升工程”（一省一校）入選高校。2017年學校入選國家“雙一流”建設（一流學科）高校。

石河子大學現有經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、管理學、藝術學11大學科門類。學校有94個本科專業，8個一級學科博士學位授權點、26個一級學科碩士學位授權點、20種碩士專業學位授權類別、4個博士后科研流動站、2個博士后科研工作站。現有國家一流建設學科1個、國家重點學科1個、自治區重點學科10個。臨床醫學、農業科學、化學3個學科進入ESI全球前1%。有國家級一流專業建設點6個、國家級一流課程8門，省級一流專業建設點24個。

石河子大學還有國家級教學團隊3個、國家級教學名師2人、國家級精品課程4門、精品視頻公開課3門、精品資源共享課2門、國家級特色專業建設項目5個、實驗教學示范中心1個。學校是教育部卓越（醫生、工程師、農林人才）教育培養計劃項目試點高校，設有6個卓越人才培養計劃項目試點專業。學校還設有國家大學生文化素質教育基地、校外實踐教育基地。