投檔原則不同。平行志愿的投檔原則為“分數優先，遵循志愿”；順序志愿則是根據“志愿優先，按分排序”。平行志愿指考生所選A、B、C、D等志愿，他們之間是平行關系。將達到批次錄取最低控制分數線的考生，按考生成績從高分到低分的順序，由計算機對每個考生所填報的平行院校志愿，依次檢索。

對于考生來說，平行志愿的好處就是擴大了選擇范圍，降低了志愿填報的難度，同時也提高了高校的錄取率。而順序志愿則在最大限度上保證了公平性，就是按照志愿+分數投檔，一目了然。

平行志愿的弊端就是它依舊存在風險，一旦被退檔，就只能填報征集志愿或是參加下一批次的志愿了。而順序志愿的弊端則是考生是否被錄取，不完全取決于考試成績，還要取決于其他與自己分數相仿的考生的志愿，因為一旦考生志愿扎堆，學校的提檔線就會提高，所以考生的錄取就會存在一定的偶然性。