投檔原則是“分數優先、遵循志愿”，過程為“排序→檢索(分檔)→投檔→錄取”。高校在接到考生電子檔案后，按高校公布的招生章程分專業進行錄取，完成招生計劃后將多余的考生進行退檔。

1.排序：對同一批次考生分文、理科分別從高分到低分逐個進行排序，即按科類分數從高到低排隊。

2.檢索(分檔)：按位次排在前(分數高)的考生所填報的志愿進行檢索分檔，再對下一位次考生進行志愿檢索。例如，重慶市本科第一批設平行的6個志愿，按前后順序分別為A，B，C，D，E，F志愿，檢索時計算機先判斷位次在前考生的A志愿，如符合A志愿高校的投檔條件，則將考生分配給A志愿高校，后續的B，C，D，E，F志愿就不再檢索，以此類推。一旦考生符合某一志愿的投檔條件，后續志愿就不再檢索。如A志愿高校投檔已滿，該生不符合A志愿高校的投檔條件，此時，計算機則判斷該生的B志愿，看是否滿足B志愿高校的投檔條件;如不符合，則繼續判斷C志愿高校。以此類推，如果該生6個志愿都不滿足對應高校的投檔條件，則該生在本輪投檔中就無法投檔，只能等待征集志愿再進行投檔了。該生檢索結束后，計算機會自動檢索下一位次考生所填報的6個志愿，直到所有達到本科一批控制線的考生都檢索完畢。此時，所有符合條件的考生都已分配給了相對應志愿的高校。

3.投檔：將所有檢索后符合投檔條件(排在高校投檔數內)的考生電子檔案發給高校進行審錄。重慶市平行志愿的調檔比例原則上控制在105%左右，也就是說，高校公布的錄取計劃為100人，市教育考試院會投放105名考生檔案給高校，即投檔數為105。如果高校有調檔比例要求，則按高校要求的比例進行投檔。