分子式是用元素符號表示純凈物（單質、化合物）分子的組成及相對分子質量的化學組成式。有些物質確實由分子構成，在分子內原子間以共價鍵聯結，而分子間以范德華力或氫鍵聯結，這些物質就具有分子式。

如氧分子用O?表示，氯化氫分子用HCl表示。分子式不僅表示了物質的組成，更重要的，它能表示物質的一個分子及其成分、組成（分子中各元素原子的數目、分子量和各成分元素的重量比）。所以分子式比最簡式的含義廣。

分子式是化學式的一種，把元素符號組合起來，用以表示分子組成的式子。比如H2、CO2、CH4等都是分子式，也是化學式。NaCl不是分子式，因為NaCl不是分子。化學式是用元素符號表示物質組成的式子。化學式是實驗式、分子式、結構式、示性式的統稱。化學式包含分子式。