藻藍素是光合色素，光合色素在光合作用中參與吸收、傳遞光能或引起原初光化學反應的色素。光合色素存在于葉綠體類囊體膜，包含葉綠素、反應中心色素和輔助色素。

在光合作用中參與吸收、傳遞光能或引起原初光化學反應的色素。光合色素主要有三大類：葉綠素（包括細菌葉綠素）、類胡蘿卜素和藻膽素。類胡蘿卜素（包括胡蘿卜素和葉黃素）和藻膽素等是對葉綠素捕獲光能的補充，稱為輔助色素。這些光合色素的一個共同的特點就是存在較長的共軛體系（有些是環形封閉的，有些是線性的），因此可以參與能量傳遞。

高等植物和大部分藻類的光合色素是葉綠素a,b和類胡蘿卜素;在許多藻類中除葉綠素a,b外,還有葉綠素c,d和藻膽素,如藻紅素和藻藍素；在光合細菌中是細菌葉綠素等；在嗜鹽菌中則是一種類似視紫質的色素11-順-視黃醛(11-cis-retinal)。